У истоков современного собрания Вологодского музея-заповедника стояли деятели четырех дореволюционных музеев города: Дома-музея Петра I, Епархиального Древлехранилища, Художественного музея Северного кружка любителей изящных искусств и Музея родиноведения Вологодского общества изучения Северного края, на базе которых 13 марта 1923 года был создан Вологодский Государственный Объединенный музей, подведомственный Губернскому Отделу народного образования. Это изначально предопределило широкий тематический спектр собрания, формировавшегося усилиями многих музейных деятелей на протяжении более 130 лет.

Значительную и основополагающую часть собрания составляют церковные древности, поступившие из Музея иконописи и церковной старины, унаследовавшего коллекцию Епархиального Древнехранилища, учрежденного в 1896 году при Православном братстве Всемилостивого Спаса. Сбором памятников в этот музей занималась разветвленная сеть комитетов на местах, руководившая собирательской деятельностью священников в своих приходах и округах. Поступления носили случайный характер, в поле зрения исследователей попадали религиозные святыни, отмеченные церковным преданием, и вышедшие из обихода древности, церковные и этнографические. В собрании епархиального музея числились самые разные предметы (иконы, утварь, письменные источники), в т.ч. не имеющие никакого отношения к религии, как, например, гербарии или палеонтологический материал.

Имел свою коллекцию живописи и графики Северный кружок любителей изящных искусств, организованный в Вологде в 1906 году по инициативе местной художницы А.Н. Каринской и инженера-технолога А.Н. Белозерова, идея которых была поддержана художниками А.А. Борисовым и Н.А. Киселевым. С начала 1910-х годов начинается комплектование коллекций будущего музея, основу которых составили пожертвования коллекционеров и художников, приобретения с выставок. В 1915 году музей был открыт и просуществовал до 1920 года, когда кружок прекратил свою деятельность, а собранные коллекции были переданы государству для нового художественного музея, открытого в Иосифовском корпусе Вологодского кремля, а затем влились в художественный отдел образовавшегося в 1923 году Государственного Объединенного музея.