Из книг кириллической печати особый интерес вызывают вильненские издания Петра Мстиславца: Евангелие 1575 года, Псалтырь 1576 года, а также Евангелие 1689 года.
Коллекция документов насчитывает более 30594 единицы хранения, из них более 3000 документов — дореволюционного периода.
Самым древним документом в собрании музея-заповедника является Ставленная грамота митрополита Симона дьяку иноку Корнилию Федорову сыну Крюкову в иеромонахи 1501 года. Среди документов XVII – ХIХ веков — фрагменты архивов вологодских монастырей (Спасо-Прилуцкого, Николо-Коряжемского и других), различных губернских учреждений, личные фонды.
Документы советского периода связаны, в основном, с историей Вологодского края.
1. ВОКМ 26412. Труды Вольного экономического общества, к поощрению в России земледелия и домостроительства. Ч. 21. Спб., при Морском щляхетном кадетском корпусе, 1772.
2. ВОКМ 26421/3 Экономический магазин, или Собрание всяких экономических известий, опытов, открытий, примечаний, наставлений, записок и советов, относящихся до земледелия, скотоводства, до садов и огородов, до лугов, лесов, прудов, разных продуктов, до деревенских строений, домашних лекарств, врачебных трав и до других всяких нужных и небесполезных городским и деревенским жителям вещей. Ч. 12. № 79 – 105. М., Университетская тип., у Н. Новикова, 1782.
3. ВОКМ 23920/101 Голиков И.И. Деяния Петра Великого, мудрого преобразителя России, собранные из достоверных источников и расположенные по годам. Ч. 11. М., Университетская тип., у Н. Новикова, 1789.