Основание собора связано с именем царя Ивана IV, по приказу которого с 1568 по 1570 гг. в Вологде разворачивается грандиозное строительство. После отъезда Ивана Грозного из города храм оставался неосвящённым и нерасписанным в течение 17 лет. Только во время правления Фёдора Иоанновича собор был частично украшен. Фрески Софийского собора, спустя столетие, созданы при архиепископе Гаврииле артелью ярославских иконописцев. Возглавлял артель выдающийся мастер стенного письма Дмитрий Григорьевич Плеханов, с именем которого связаны также росписи Успенского собора Троице-Сергиевой лавры в Сергиевом Посаде и церкви Иоанна Предтечи в Толчкове в Ярославле. В середине
По воле Ивана Грозного, Софийский собор имеет одну достаточно примечательную особенность. Согласно древнему церковному канону, алтарь любого храма должен быть обращен на восток. Алтарь же Софийского собора смотрит на северо-восток, причем на север преимущественно. Вероятно, Иван IV хотел, чтобы алтарь собора был обращен к реке Вологде, хотя подобное расположение и противоречило традиции церковного строительства.
До наших дней полностью сохранился пятиярусный деревянный резной позолоченный иконостас
В течение всего времени своего существования Софийский собор неоднократно обновлялся и украшался; свой окончательный вид он принял только в XX столетии.
Подробнее о Софийском соборе